Entsyymejä voidaan käyttää elintarvikkeiden valmistuksessa joko lisäaineena tai valmistuksen apuaineena. Entsyymit, joiden tarkoituksena on vaikuttaa ihmisen ravitsemukselliseen tilaan tai ruoansulatukseen, eivät kuulu soveltamisalaan.
Entsyymejä koskevassa asetuksessa (EY) N:o 1332/2008 annetaan entsyymien käytön ehtoja ja luettelo sallituista entsyymeistä. Kaikkien entsyymien turvallisuus pitää arvioida ennen luettelon antamista ja siksi tämän hyväksyttyjen entsyymien luettelon valmistelu kestää usean vuoden ajan. Lisäaineena käytettyjen invertaasin (E 1103) ja lysotsyymin (E1105) käytöstä on säädetty kauppa- ja teollisuusministeriön asetuksessa (752/2007) muista lisäaineista kuin makeutusaineista ja väreistä.