Muuntogeeniset elintarvikkeet kuuluivat uuselintarvikeasetuksen piiriin vuoteen 2003, jolloin astui voimaan erityisesti muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja koskeva Euroopan parlamentin ja neuvoston asetus (EY) N:o 1829/2003. Tällaisia elintarvikkeita ovat muuntogeenisiä organismeja (GMO) sisältävät, niistä koostuvat tai niistä valmistetut elintarvikkeet.
Tuotteet, jotka koostuvat tai sisältävät muuntogeenistä organismia tai on valmistettu niistä, on merkittävä. Kuluttaja löytää merkinnän elintarvikkeiden ainesosaluettelosta. Merkintää vaaditaan aina. Merkintöjä ei edellytetä, mikäli muuntogeenisen aineksen esiintyminen on tahatonta tai teknisesti mahdotonta välttää ja sen lisäksi vähäistä eli alle säädetyn 0,9 prosentin kynnysarvon kyseisestä elintarvikkeen ainesosasta.
Päätökset muuntogeenisten elintarvikkeiden ja rehujen markkinoinnista tehdään yhteisesti koko EU:n alueella. Päätöksentekoon osallistuvat kaikki jäsenvaltiot ja komissio. Suomessa Elintarviketurvallisuusvirasto Evira on nimetty yhteysviranomaiseksi muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja koskevissa lupa-asioissa. Evira ylläpitää luetteloita hakemuksista ja luvista. Evira tiedottaa myös yleisölle varatusta kommentointimahdollisuudesta uusia lupia myönnettäessä. Kansalliseksi asiantuntijaelimeksi on nimetty ministeriön yhteydessä toimiva uuselintarvikelautakunta.
Lisätietoa geenitekniikasta ja muuntogeenisistä elintarvikkeista löytyy Eviran sivuilta. Euroopan komission sivuilta löytyy muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja koskeva GMO-rekisteri. Geenitekniikasta löytyy lisätietoa myös ministeriön sivuilta sekä komission GMO Compass sivustolta.