Kasvihuoneilmiöllä tarkoitetaan ihmisen aiheuttamaa maapallon keskilämpötilan nousua. Maatalouden tärkeimmät kasvihuonekaasut ovat hiilidioksidi, metaani ja dityppioksidi. Maatalouden osuus Suomen kaikista kasvihuonepäästöistä oli 9 prosenttia vuonna 2009, kun maatalousmaan hiilidioksidipäästöjä ei oteta huomioon. Maatalous oli toiseksi merkittävin kasvihuonekaasupäästöjen lähde energiasektorin jälkeen.
Dityppioksidipäästöjä maataloudesta aiheuttavat väkilannoitus, lannan ja lietteiden levittäminen pellolle, satojäännöksen muokkaaminen maahan sekä biologinen typensidonta. Maatalouden metaanipäästöt ovat peräisin lähinnä kotieläinten ruoansulatuksesta ja lannasta. Myös metsän raivaaminen pelloksi aiheuttaa kasvihuonekaasujen lisääntymistä.
Hiilidioksidipäästöjä maataloudessa aiheuttavat kivennäis- ja eloperäisten maiden viljely sekä kalkitus. Arviolta kolmannes päästöistä on peräisin eloperäisten maiden viljelystä.
Ilmastonmuutoksen vaikutukset maatalouteen voivat olla sekä hyödyllisiä että haitallisia.
Maatalous vaikuttaa ilman laatuun paikallisesti ammoniakkipäästöjen kautta. Viimeisten 25 vuoden aikana ammoniakkipäästöt ovat kuitenkin vähentyneet muuttuneiden lannan käsittelykäytäntöjen sekä eläinmäärän vähenemisen vuoksi. Päästöjen kokonaismäärän odotetaan edelleen laskevan vähenevien eläinmäärien seurauksena.
