Maatalousosasto käsittelee maataloutta, puutarhataloutta ja muita maaseutuelinkeinoja samoin kuin näiden toimintaedellytysten ja rakenteen kehittämistä koskevat asiat, ellei asia kuulu muulle osastolle. Lisäksi osasto käsittelee maaseutupoliittiset toimintalinjat ja Euroopan unionin (EU) alue- ja maaseudun kehittämistä koskevat ohjelmat ja yhteisöaloiteohjelmat sekä sovittaa yhteen ministeriön hallinnonalaa koskevat bio- ja geenitekniikkaa koskevat asiat.
