Euroopan unionin toiminnasta tehdyn sopimuksen 43 artiklan mukaan neuvosto päättää komission ehdotuksesta yhteisen maatalouspolitiikan säännöistä yhteispäätösmenettelyssä Euroopan parlamentin kanssa. Kuitenkin hinnoista, tuista, maksuista, määrällisistä rajoituksista ja kalastusmahdollisuuksien vahvistamisesta päättää vain neuvosto komission esityksen perusteella, eikä näissä asioissa tarvita Euroopan parlamentin lausuntoa.
Tarkka rajanveto Euroopan parlamentin ja neuvoston toimivaltuuksien välillä uudessa järjestelmässä on hieman epäselvä ja selvinnee vasta käytännön lainsäädäntötyön kautta.
Maatalous- ja kalastusneuvostossa jäsenvaltioita edustavat maatalousministerit.