Unionin lainsäädäntö antaa hyvät mahdollisuudet soveltaa erilaisia maatalouden rakennepoliittisia tukijärjestelmiä ja -muotoja. Osaan tuista voi saada unionilta osarahoitusta ja osa unionin säännöksistä koskee pelkästään kansallisesti rahoitettavaa tukea. Jäsenmaat valitsevat tarpeisiinsa sopivat tukijärjestelmät. Ohjelman osana Suomessa rahoitetaan maatalouden rakennetuista kaudella 2007-2013 vain lypsy- ja lihakarjatalouden rakennusinvestoinnit ja biokaasulaitokset sekä nuoren viljelijän aloitustuen avustusosa.
Kansallisia maatalouden rakennetukitoimia ohjaavat myös EU:n säädökset ja valtiontuen suuntaviivat.