Viljelykasvien, kotieläinten ja metsäpuiden geenivaroilla tarkoitetaan niiden perinnöllistä monimuotoisuutta, eri lajeja ja rotuja sekä lajinsisäistä muuntelua. Suomen maa- ja metsätaloudelle sekä kulttuuriperinnölle tärkeät geenivarat ovat vuosituhansien kuluessa sopeutuneet paikalliseen ilmastoon, maaperään ja maisemaan, mikä tekee niistä ainutlaatuisia. Geenivarojen suojelulla turvataan monimuotoisuuden saatavuus viljelijöiden, jalostuksen ja tutkimuksen tarpeisiin nyt ja tulevaisuudessa. Erityisen tärkeää riittävä monimuotoisuus on jalostukselle ja sitä kautta Suomen elintarviketurvalle. Suomalaiset viljelykasvit säilytetään siemeninä Pohjoismaisessa geenipankissa (NGB) tai elävinä kasveina kansallisissa kokoelmissa.
Kansainvälisen biologista monimuotoisuutta koskevan yleissopimuksen (CBD, 1993) mukaan luonnonvaroja tulee suojella ja käyttää kestävästi. Elintarvikkeiden ja maatalouden kasvigeenivaroja koskeva kansainvälinen sopimus (IT, 2004) määrittelee maailmanlaajuiset, oikeudellisesti sitovat puitteet geenivarojen säilyttämiselle. Sopimukset toimeenpannaan suurelta osin kansallisten geenivaraohjelmien avulla. Suomen maa- ja metsätalouden kasvigeenivaraohjelma käynnistyi vuonna 2003 ja eläingeenivaraohjelma vuonna 2004. Maa- ja metsätalousministeriön asettama geenivaraneuvottelukunta seuraa ja kehittää ohjelmia. MTT koordinoi geenivaraohjelmia.