METSO-ohjelman tavoite on metsäisten luontotyyppien ja metsälajien taantumisen pysäyttäminen ja luonnon monimuotoisuuden suotuisan kehityksen vakiinnuttaminen vuoteen 2016 mennessä. Ohjelman painopiste on Etelä-Suomessa. Valtioneuvosto hyväksyi ohjelman maaliskuussa 2008 samanaikaisesti kansallisen metsäohjelman kanssa.
Tarkoitus on sekä parantaa nykyistä suojelualueverkkoa että kehittää talousmetsien luonnonhoitoa. Suojelun tulee perustua metsänomistajien vapaaehtoiseen haluun turvata metsiensä monimuotoisuutta.
Suojelu ja metsäluonnon hoito toteutetaan joko määräaikaisilla tai pysyvillä sopimuksilla kohteiden ekologisten arvojen mukaan. Alueita voidaan myös ostaa valtion omistukseen suojelualueiksi. Suojelusta maksetaan korvaus joko luonnonsuojelulain tai kestävän metsätalouden rahoituslain nojalla suojelukohteesta ja -tavasta riippuen.
