Luontoarvojen turvaamisella on suuri painoarvo metsätalouden lainsäädännössä, suosituksissa ja ohjeissa. Metsälaissa määritellään erityisen tärkeät elinympäristöt, joiden ominaispiirteet tulee säilyttää metsänkäsittelyssä. Metsänhoidossa ja puunkorjuussa huomioidaan metsäluonnon monimuotoisuudelle tärkeitä kohteita ja rakennepiirteitä. Näin parannetaan monien metsän lajien elinmahdollisuuksia talousmetsissä. Talousmetsien luonnonhoidon laatua seurataan jatkuvasti sekä yksityisissä että valtion metsissä. Talousmetsien luonnonhoito täydentää metsien monimuotoisuuden turvaamista varsinaisten suojelualueiden ohella. Metsien monimuotoisuutta turvataan Etelä-Suomen metsien monimuotoisuuden toimintaohjelmalla eli METSO-ohjelmalla.
Metsälain määrittelemien erityisen tärkeiden elinympäristöjen merkitys monimuotoisuudelle perustuu siihen, että niiden ominaisuudet, kasvillisuus ja eläimistö poikkeavat muusta metsäympäristöstä. Suuri osa metsien uhanalaisesta lajistosta on riippuvainen eriasteisesti lahonneesta puusta. Lahopuun vähyys on edelleen yksi tärkeimmistä lajien uhanalaisuuden syistä. Lahopuun määrää pyritään lisäämään hakkuun yhteydessä metsään jätettävillä säästöpuilla. Nykyisissä metsänhoito-ohjeissa myös kuolleet puut suositellaan säästettäviksi. Myös lehtipuuston suosiminen lisää talousmetsien monimuotoisuutta. Kulotuksen käyttöä pyritään lisäämään palaneessa puussa elävän lajiston elvyttämiseksi. Metsäluonnonhoidon vaikutukset näkyvät talousmetsissä vasta pidemmän ajan kuluessa. Muutokset eivät tapahdu hetkessä.