Metsien terveydentila on säilynyt toistaiseksi pääasiassa hyvänä. Merkittävämpiä tuhoja metsissä aiheuttavat hirvet, myyrät, juurikääpä, myrskyt ja lumi. Viime vuosina ruskomäntypistiäinen on aiheuttanut mäntymetsissä paljon tuhoa etenkin Lounais-Suomen, Keski-Suomen ja Etelä-Pohjanmaan metsäkeskusten alueella. Pistiäinen aiheuttaa puustossa pääasiassa kasvutappioita. Vuonna 2010 Asta- ja Veera-myrskyt aiheuttivat noin 8 miljoonan kuutiometrin metsätuhot.
Metsäpalot on onnistuttu pitämään kurissa tehokkaalla palontorjunnalla. Ilmaston lämpeneminen ja maahamme kulkeutuvat tulokaslajit voivat lisätä metsien terveyteen kohdistuvia riskejä. Metsiin kohdistuviin tuhoihin on varauduttu laatimalla vuonna 2007 valtakunnallinen myrskytuhovalmiussuunnitelma. Samaan aikaan kaikissa metsäkeskuksissa laadittiin alueellinen myrskytuhovalmiussuunnitelma, sekä nimettiin valmiuspäällikkö ja hänelle varahenkilö. Vuonna 2009 valtakunnallinen suunnitelma laajennettiin metsätuhovalmiussuunnitelmaksi, joka kattaa myrskytuhojen lisäksi metsäpalot, lumituhot, kuivuuden ja pakkasen aiheuttamat tuhot, sekä ilmansaasteiden kaukokulkeuman ja maassamme ennen esiintymättömän kasvintuhoojan aiheuttamat tuhot. Suunnitelma sisältää varautumisen lisäksi keskeisiä tuhotilanteita koskevia toimenpiteitä. Vuoden 2010 myrskyjen yhteydessä saatuja kokemuksia on hyödynnetty valmiuden parantamisessa ja muun muassa metsätuhojen nopeaa kartoitusta on kehitetty edelleen yhteistyössä Maanmittauslaitoksen ja Metsäntutkimuslaitoksen kanssa. Maanmittauslaitos ja maa- ja metsätalousministeriö ovat sopineet, että Maanmittauslaitos varautuu myrskytuhokuvausten hoitamiseen.
Lainsäädännöllä pyritään varmistamaan, että metsänkäsittelyssä, puunkorjuussa ja puutavaran varastoinnissa ei heikennetä metsien terveydentilaa. Alueellisesti metsän hyönteis- ja sienituhojen torjunnasta annettua lakia valvovat metsäkeskukset. Käytännössä lailla pyritään torjumaan erityisesti kuorellisessa tuoreessa havupuutavarassa (tai myrskyn tai lumen vahingoittamassa puustossa) lisääntyvien kaarnakuoriaisten (ytimennävertäjät, kirjanpainajat) aiheuttamia metsätuhoja. Lainsäädäntöä ollaan uudistamassa parhaillaan, jotta siinä voitaisiin ottaa paremmin huomioon ilmastonmuutos ja monimuotoisuuden lisääminen.
Metsäntutkimuslaitos seuraa viranomaistehtävänään metsien terveydentilaa ja siinä tapahtuvia muutoksia valtakunnallisesti apunaan metsäkeskukset ja muut metsiä omistavat valtion virastot ja laitokset.