Vesitaloustehtävien hoitoa ohjaa ministeriön vesitalousstrategia. Syyskuussa 2011 vahvistettu strategia korvasi vuonna 1999 hyväksytyn ja 2005 vesivarastrategian. Se on toiminnan ja talouden suunnittelun sekä tulosohjauksen lähtökohtana sekä ministeriössä että elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksissa ja Suomen ympäristökeskuksessa niiden hoitaessa vesivarojen käytön ja hoidon tehtäviä.
