Maa- ja metsätalousministeriö ohjaa elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksia sekä Suomen ympäristökeskusta (SYKE)vesivarojen käytön ja hoidon tehtävissä. Yleishallinnollisesti elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukset ovat työ- ja elinkeinoministeriön alaisia. SYKE on ympäristöministeriön alainen. Ympäristöministeriö ohjaa niitä vesiensuojelun tehtävissä.
Maa- ja metsätalousministeriön vastuulla vesitalousasioissa on
- valtion talousarvion valmistelu sekä toiminnan ja talouden suunnittelu
- lainsäädännön valmistelu
- toiminnan strateginen suunnittelu
- EU-asiat ja kansainvälinen yhteistyö sekä
- elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskusten ja Suomen ympäristökeskuksen tulosohjaus
Elinkeino-, liikenne ja ympäristökeskusten vesivaratehtäviin sisältyy
- vesihuolto
- tulvariskien hallinta
- patoturvallisuus
- vesistön säännöstely
- vesistöjen hoito ja kunnostus
- ojitustoimitukset
- tukiasiat ja neuvonta
Suomen ympäristökeskuksen tehtävänä on
- vesivarojen käyttöä ja hoitoa palveleva tutkimus ja kehittämistoiminta
- vesivarojen valtakunnallinen seuranta
- asiantuntijapalvelut elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksille ja ministeriölle
