Maa- ja metsätalousministeriö ohjaa viittä hallinnonalansa tutkimuslaitosta:
Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskus MTT
Metsäntutktimuslaitos Metla
Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitos RKTL
Elintarviketurvallisuusvirasto Evira
Geodeettinen laitos GL
Vesivarojen käytön ja hoidon osalta maa- ja metsätalousministeriö ohjaa myös Suomen ympäristökeskusta (SYKE).
